É enxeñeiro agrónomo pola Universidade Politécnica de Madrid, e Master en Comunidades Europeas pola mesma Universidade.
En 1993 trasladouse a Bruxelas como técnico da Oficina de Representación Permanente ante a UE da Confederación de Cooperativas Agrarias de España (actualmente Cooperativas Agro-alimentarias de España). A partir de 1996 desempeñou o cargo de director da devandita oficina. Nesta etapa participou como experto en diversos ditames do Comité Económico e Social, do Parlamento Europeo e foi membro de varios Comités Consultivos da Comisión Europea (DG Agricultura). Durante este período participou tamén como representante da citada Confederación de Cooperativas na Confederación Europea de Cooperativas Agrarias (COGECA).
En setembro do ano 2000 foi nomeado Director Xeral de Cooperativas Agro-alimentarias de España, posto no que se mantivo ata decembro de 2015. En novembro de 2003 Eduardo Baamonde foi elixido Presidente da Confederación Europea de Cooperativas Agrarias (COGECA), órgano representativo do sector cooperativo europeo. Durante esta etapa promocionou as relacións entre as cooperativas europeas e reforzou o papel da COGECA ante as Institucións Comunitarias. Así mesmo, participou como representante do sector europeo no cume da OMC celebrada en Hong Kong en 2005. Ata decembro de 2015 foi membro da Presidencia da COGECA e coordinador dos Business Forum que organiza a citada Organización.
Eduardo Baamonde traballou activamente por e para as cooperativas, fomentando a colaboración entre elas e en particular a mellora da súa dimensión e adaptación ao mercado. Neste sentido participou na elaboración de numerosas iniciativas lexislativas, tanto nacionais como comunitarias, destacando as súas achegas na redacción da Lei de Integración Cooperativa e Outras Entidades Asociativas e a Lei de Mellora do Funcionamento da Cadea Agroalimentaria.
En 2014 foi designado Vogal do Consello de Administración de Banco de Crédito Social Cooperativo, S.A, así como membro da súa Comisión Executiva e do Comité de Nomeamentos e Remuneracións e Presidente do Comité de Auditoría. Desde o 27 de abril de 2016 é Presidente de Cajamar Caixa Rural, Sociedade Cooperativa de Crédito.
Dentro das súas publicacións cabe destacar o seu papel como coordinador na redacción do libro “O Cooperativismo Agroalimentario na Economía Mundial” editado na serie de estudos 'Mediterráneo Económico' que publica Cajamar.
Ademais, Eduardo Baamonde participa de forma activa en múltiples conferencias, seminarios e congresos tanto nacionais como internacionais e colabora habitualmente na publicación de numerosos artigos e estudos sobre o sector agroalimentario e financeiro.
Desde a súa incorporación en 2014 ao Banco de Crédito Social Cooperativo participou no plan de formación deseñado para os membros do seu Consello e como Presidente de CAJAMAR realizou o curso de formación sobre o Marco Regulador das Entidades de Crédito, CRD IV e CRR (PwC 2016).