Natural de Villalba (Lugo), es ingeniero agrónomo por la Universidad Politécnica de Madrid, Master en Comunidades Europeas por la misma Universidad.
En 1993 se trasladó a Bruselas como técnico de la Oficina de Representación Permanente ante la UE de la Confederación de Cooperativas Agrarias de España (actualmente Cooperativas Agro-alimentarias de España). A partir de 1996 desempeñó el cargo de director de dicha oficina. En esta etapa participó como experto en diversos dictámenes del Comité Económico y Social, del Parlamento Europeo y fue miembro de varios Comités Consultivos de la Comisión Europea (DG Agricultura). Durante este periodo participó también como representante de la citada Confederación de Cooperativas en la Confederación Europea de Cooperativas Agrarias (COGECA).
En septiembre del año 2000 fue nombrado Director General de Cooperativas Agro-alimentarias de España, puesto en el que se mantuvo hasta diciembre de 2015. En noviembre de 2003 Eduardo Baamonde fue elegido Presidente de la Confederación Europea de Cooperativas Agrarias (COGECA), órgano representativo del sector cooperativo europeo. Durante esta etapa promocionó las relaciones entre las cooperativas europeas y reforzó el papel de la COGECA ante las Instituciones Comunitarias. Asimismo, participó como representante del sector europeo en la cumbre de la OMC celebrada en Hong Kong en 2005. Hasta diciembre de 2015 fue miembro de la Presidencia de la COGECA y coordinador de los Business Forum que organiza la citada Organización.
Eduardo Baamonde ha trabajado activamente por y para las cooperativas, fomentando la colaboración entre ellas y en particular la mejora de su dimensión y adaptación al mercado. En este sentido participó en la elaboración de numorosas iniciativas legislativas, tanto nacionales como comunitarias, destacando sus aportaciones en la redacción de la Ley de Integración Cooperativa y Otras Entidades Asociativas y la Ley de Mejora del Funcionamiento de la Cadena Agroalimentaria.
En 2014 fue designado Vocal del Consejo de Administración de Banco de Crédito Social Cooperativo, S.A, así como miembro de su Comisión Ejecutiva y del Comité de Nombramientos y Remuneraciones y Presidente del Comité de Auditoría. Desde el 27 de abril de 2016 es Presidente de Cajamar Caja Rural, Sociedad Cooperativa de Crédito.
Dentro de sus publicaciones cabe destacar su papel como coordinador en la redacción del libro “El Cooperativismo Agroalimentario en la Economía Mundial” editado en la serie de estudios 'Mediterráneo Económico' que publica Cajamar.
Además, Eduardo Baamonde participa de forma activa en múltiples conferencias, seminarios y congresos tanto nacionales como internacionales y colabora habitualmente en la publicación de numerosos artículos y estudios sobre el sector agroalimentario y financiero.
Desde su incorporación en 2014 al Banco de Crédito Social Cooperativo ha participado en el plan de formación diseñado para los miembros de su Consejo y como Presidente de CAJAMAR realizó el curso de formación sobre el Marco Regulador de las Entidades de Crédito, CRD IV y CRR (PwC 2016).