Es licenciado en Ciencias Económicas por la Universidad de Vigo, diplomado en Dirección y Administración de Empresas (DBA) por la Escuela de Negocios Caixanova y por la Universidad de Gales, y Master en Dirección y Administración de Empresas (MBA), especialidad en control de gestión, por la Escuela de Negocios Caixanova.
Joaquín Varela, también especialista en auditoría –es miembro del ROAC-, desarrolló su actividad profesional, desde 1994, en Pricewaterhouse Coopers, donde hasta mayo de 2009 ocupaba el cargo de Senior Manager de Auditoría. Como consecuencia de su experiencia como auditor, dispone de un amplio y profundo conocimiento del tejido empresarial de Galicia, tanto del sector público como del privado. Fue Director General del Igape.
Durante los últimos cinco años (2004-2008), Joaquín Varela de Limia participó como docente en el Master de Auditoria organizado por la Universidad de Vigo. Del mismo modo, entre 2006 y 2008 fue docente del Curso de Postgrado en Auditoría de Cuentas organizado por el Colegio de Economistas de A Coruña. También participó como experto en encuentros y cursos de presentación del nuevo Plan General de Contabilidad de España.
La propuesta del conselleiro de Economía e Industria, Javier Guerra, el 15 de mayo de 2009 el consejo de dirección del Instituto Gallego de Promoción Económica (Igape) acordó nombrar a Joaquín Varela de Limia Cominges director general de este organismo.