Ingresó en el Colegio de San Lorenzo en Lugo, donde cursó la mayor parte de los estudios eclesiásticos, aunque no llegó a ordenarse sacerdote. En 1872 fue nombrado jefe de un grupo de guerrilleros carlistas y es a partir de ahí cuando comienzan sus actuaciones con asaltos, robo de documentación para obtener información, etc. Una vez finalizada la tercera guerra carlista en 1874, se publicaron decretos de gracia para los carlistas que cesasen su actividad y depusiesen sus armas. Después de comparecer ante el Tribunal Militar de Lugo, Manuel Núñez Saavedra hubo de pagar una gran cantidad de dinero para no ir a la cárcel. En 1878 se casó con María Consuelo Díaz Herbón, con la que tuvo siete hijos.