De niño se trasladó a Lugo, donde residió hasta 1844 y realizó los primeros estudios. Unos años después superó el examen de ingreso en la Academia de Ingenieros Civiles en Madrid, donde obtuvo la titulación de Ingeniero Civil. En Madrid lograba sobrevivir dando clases de matemáticas, aunque nunca se ha podido saber donde realizo los estudios de esta materia. Políticamente de ideas revolucionarias, participó en los disturbios políticos de marzo y mayo de 1848. Estuvo preso en varias ocasiones y en otras se vio forzado a marcharse al extranjero para poder evitar represalias. Participó activamente en los movimientos revolucionarios de la época. Durante el bienio 1854-1856, mandó una compañía en el tercer batallón de Milicias de Madrid. Volvió a dedicarse a la enseñanza por espacio de una década. En 1866 se unió al general Prim, tomando parte activa en la contienda y fue condenado a muerte, escapando a Francia, donde estuvo exiliado hasta que estallo la revolución de septiembre de 1968.
Fue colaborador, entre otros, de los diarios: La Tribuna del Pueblo, El Pueblo, La Discusión y La Democracia. Entre sus obras destaca Imperio Ibérico.
A Manuel Becerra se le considera el “Padre de la Gimnasia oficial", pues fue el verdadero iniciador de la Educación Física. Sobre el de-porte escribió la obra titulada Tratado Racional de la Gimnásti-ca y de los Ejercicios y Juegos Corporales, editada en Madrid en 1893. Manuel Becerra fue presidente de la Sociedad Gimnástica Española y promotor de la Escuela Central de Gimnasia. En 1888 fue nombrado, por la Diputación Provincial de Lugo, Hijo Predilecto e Hijo Preclaro Fue también miembro de número de la Academia de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales.