Licenciado en Química por la Universidad de Santiago de Compostela en 1972, Juan Casares Long se doctoró en Química por la Universidad Autónoma de Barcelona y en Ingeniería Química por la Universidad de Salford (Reino Unido).
Después de trabajar a mediados de los 80 en la Universidad del Petróleo y Minerales de Arabia Saudí, volvió a la USC como profesor titular.
Es catedrático de Ingeniería Química en la Universidad de Santiago de Compostela y lo fue también de las Universidades de Sevilla y Cantabria.
Trabajó en el diseño, desarrollo y gestión del Centro de Supercomputación de Galicia, del que fue director entre 1993 y 1997, y en la puesta en marcha de la Red de Comunicaciones de Banda Ancha de la Red de Ciencia y Tecnología de Galicia (RECETGA).
Además, dirigió el Centro de Información y Tecnología Ambiental de la Xunta de Galicia (1997-2001) y promovió e impulsó el Servicio de Observación y Predicción Meteorológica de Galicia (MeteoGalicia).
El 25 de junio de 2010 tomó posesión como rector de la USC.