Estudió Medicina en Madrid y ejerció las cátedras de Fisiología e Higiene, Medicina clínica y Medicina legal y Toxicología de la Facultad de Medicina de Santiago.
José Varela colaboró en varias publicaciones como “El Siglo Médico”, “Revista de Ciencias Médicas”, “Revista Económica”, etc. Además publicó numerosas obras, entre las que destacan Distinción entre la verdadera y falsa experiencia en Medicina y caracters del verdadero médico, según las ideas del célebre Zimmermann(1821), Preceptos preventivos contra el cólera morbo (1833), Historia razonada de Josefa de la Torre (1838), Ensayo de Antropología o sea Historia fisiológica del hombre en sus relaciones con las ciencias sociales y especialmente con la Patología y la Higiene (1844), Historia de las Ciencias (1847), Defensa del pauperismo (1849), Consideraciones sobre la cuestión homeopática (1851), La veradera filosofía y los intereses materiales (1852), Preceptos higiénicos y terapéutica sobre la fiebre reinante (1853), Piretología razonada. Filosofía clínica aplicada al estudio de las fiebres y de las calenturas (1859) y Preceptos y consejos contra el cólera (1865).